在2009年2月9日召开的全国科技大会上，中共中央政治局委员、国务委员刘延东表示：要抓紧实施与扩内需、保增长紧密相关的科技重大专项任务，抓紧实施与扩内需、保增长紧密相关的科技重大专项任务，要筛选基础好、有竞争力的产品研发项目，予以优先安排部署。着力攻克核心和关键技术，创造新的市场需求，有效增加就业。意味着原来《国家科学技术中长期规划纲要(2006-2020)》中确定的，准备投入6000亿的与当前经济发展紧密联系的重大专项提前进行。
目前已经通过验证，全面启动的重大专项有9项，分布在信息产业、装备制造业、能源等主导产业，也包括水利、医药和农业等涉及民生的领域。
根据国家科技重大专项“水体污染控制与治理”“十一五”计划(2006年至2010年)，这期间水专项将启动33个项目，238个课题。总资金投入为112.66亿元。水专项是建国以来投资最大的水污染治理科技项目，总经费概算300多亿元。该项目将分3个阶段进行，执行时间至2020年，第一阶段目标主要突破水体“控源减排”关键技术，第二阶段目标主要突破水体“减负修复”关键技术，第三阶段目标主要是突破流域水环境“综合调控”成套关键技术。但这三个阶段都将相应向前推移。武汉市科技局正在组织华中师范大学、中国科学院水生生物研究所等单位开展该专项申报工作。
本次科技重大专项的申请规则也有一些变化，如过去国家计划的项目负责人必须是中华人民共和国国籍的公民。现在科技部正在制定实施海外创新高级人才引进计划，希望吸引海外高层次华人参与。此外，在是否让海外上市的企业参与重大专项上或将有所松动。
科技部的初步考虑是邀请中国工程院和中国科学院学部对专项实施过程的重大节点进行评估，对重大技术和方向的调整提供咨询。
这将进而带来一系列管理体制的相应变化。相较过去重大科技专项由科技部牵头的惯例，此次科技部不是任何专项具体实施的牵头单位，而只是担任了三个专项的领导小组组长。在重大专项具体分工上，国务院安排各专业部门具体组织落实。水体污染控制与治理专项由环保部组织实施。
